Setelah pensiun dari pertandingan pada 2004, ia menangani Barcelona B setelah Guardiola di promosikan ke posisi teratas. Setelah dua musim berlalu, ia mengambil langkah pertamanya sebagai pelatih tim senior dengan membela AS Roma. Akan tetapi Enrique hanya mampu bertahan selama satu musim penuh setelah Roma gagal lolos ke kompetisi Eropa.

Satu tahun keluar dari permainan, ia menikmati satu musim di Celta Vigo dan berhasil mengantarkan mereka berada di 10 besar Liga Spanyol. Raihan itu membuatnya kembali ke Barcelona dan melanjutkan jejak Guardiola menangani Barcelona.

Pada musim pertamanya ia pun berhasil membawa Blaugrana meraih treble winner seperti halnya Guardiola. Selama tiga musim berkarier bersama Barcelona, ia memenangkan sembilan trofi sebelum akhirnya mundur dari Camp Nou pada 2017.

Saat ini, Enrique tengah menangani Timnas Spanyol dan membawa kebangkitan di tengah kekacauan La Furia Roja –julukan Timnas Spanyol- di Piala Dunia 2018. Pada tiga pertandingan pertamanya, Spanyol sukses mengalahkan semifinalis Piala Dunia Inggris di Wembley dan membantai finalis Piala Dunia 2018 yakni Kroasia.